1　純蒸汽滅菌
生物制藥用純化水系統應首選純蒸汽滅菌，這種方法消 毒效果最可靠，但管道系統及貯罐需耐壓。
   （1）制藥用水管道進行純蒸汽滅菌時，純蒸汽 壓力為 0.2 MPa；純蒸汽剛開始以流通蒸汽形式從罐 底閥后進入系統（回水管路上裝有恒壓閥時），置換 出管路系統中的空氣（由呼吸過濾器排出），一段時 間后開啟罐底閥，置換出罐內空氣，再關閉呼吸過 濾器，密閉系統內壓力及溫度均開始上升，通過人工在各使用點及最低點微啟閥門排凝結水。
    （2）當管道內溫度升至 121℃時開始計時，滅 菌 35 min。滅菌指示帶應變色，否則須重新滅菌。
    （3）滅菌后若水系統不立即使用，應對系統充 氮或充壓縮空氣保護，避免冷凝形成真空可能帶來 污染。
    （4）貯罐等容器設備，在純蒸汽滅菌前應進行 清洗，滅菌后若過夜后使用，在使用前應用注射用 水再次淋洗。
    （5）對于裝在注射用水系統用于自動排凝結 水的疏水器要求為：熱動力型帶溫度檢測， 316 或 316L 不銹鋼制造，具有衛生接口和自排功能。
    （6）用于純蒸汽消毒的管路貯罐應有良好的保 溫設施，避免死角和積水。通常 WFI 系統除閥門 外全程保溫， PW 系統（熱力滅菌方式）除凈化區 內管路外全程保溫。潔凈區內管道保溫層外殼應有 304 保護外殼。
2　巴式消毒滅菌
巴式消毒主要用于純化水管路系統，在循環 回路上安裝換熱器或貯罐帶夾套，將純化水加熱到 80℃以上（以最難溫升處達到 80℃開始計時），維 持 1 h，即可達到預定要求，關鍵在于管路要有加溫 保溫裝置(加熱量 > 散熱量)，保證滅菌溫度和時間。輸送泵、傳感器等也應耐受 80℃以上熱水。
3　過熱水滅菌
過熱水滅菌過程與巴式消毒滅菌類似，區別在于加熱開始前，系統內用過濾的氮氣或壓縮空氣充 壓至約 0.25 MPa，然后將系統水溫加熱到 125℃， 持續一段時間，然后冷卻排放，系統用過濾的氮氣 或壓縮空氣充壓保護。
4　臭氧消毒滅菌
臭氧消毒分兩種；一是對水的消毒，當其濃度 達 0.3 mg/L 時，只要 0.5~1 min 即達到致死細菌效果。二是對空管路消毒，原理雷同空氣凈化原理。
使用臭氧水消毒并在用水前開啟紫外燈減少臭 氧殘留，是制藥用水系統、尤其是純化水系統消毒 的常用方法之一。
產生臭氧的方法是用干燥空氣或干燥氧氣作原 料，通過放電法制得。另一個生產的臭氧的方法是 電解法，將水電解變成氧元素，然后使其中的自由 氧變成臭氧。使用電解系統生產臭氧的主要優點是：沒有離 子污染；待消毒處理的水是用來產生臭氧的原料， 因此沒有來自系統外部的其他污染；臭氧在處理過 程中一生成就被溶解，即可以用較少的設備進行臭 氧處理。若在加壓條件下，可生產出較高濃度的臭氧。 經臭氧消毒處理過的水在投入藥品生產前，應當將 水中殘存（過剩）的臭氧去除掉，以免影響產品質量。臭氧的殘留量一般應控制在低于 0.0005-0.5 mg/L 的 水平。在制藥工藝應用最廣的方法是以催化分解為 基礎的紫外線法。具體做法是在管道系統中的第一個用水點前安裝一個紫外殺菌器，當開始用水或生產前，先打開紫外燈即可。
5紫外線消毒
紫外線有一定的殺菌能力，通常安裝在純化水 系統中用于控制微生物的滋生，延長運行周期，另在臭氧滅菌系統中可用于殘余臭氧的分解。
6.糾偏
歐美藥典均設立了注射用水 ( 包括純化水 ) 的警 戒水平和糾偏限度的監控措施，其目的是建立各種 規程，以便監控結果顯示某種超標風險時，可實施 這些規程，從而確保制水系統始終達標運行，生產 出合格的水，它可被理解為制藥用水系統的“運行 控制標準”，體現了動態管理的基本思想。所謂警戒水平是指微生物某一污染水平，表明系統有偏離正 常運行條件的趨勢，警戒水平的含意是報警和提醒 注意，通常屬企業的內控標準，尚不需采取糾正措 施；而糾偏限度是指微生物污染的某一限度，監控 結果超過此限度時，表明系統已偏離了正常的運行條件，需立即采取糾偏措施，使系統回到正常的運行狀態。
應當指出，警戒水平和糾偏限度一般應根 據所積累的足夠多的數據，從對技術和產品的綜合 考慮，建立在工藝和產品規格標準的范圍之內。因此， 超出警戒水平和糾偏限度并不意味著整個工藝過程 已危及產品質量，因為它已經考慮了產品的安全因 素，但這也并不是說水監控數據超標不影響產品出 廠，因此可以放任注射用水系統在超過糾偏限度條件下運行，那不僅違背了設定限度的初衷，而且也從根本上違背了GMP 的準則。因此，一旦發現監控 狀況出現偏差，即應調查原因，采取有效措施，使 系統始終處于適當的受控狀態，生產出符合質量要 求的制藥用水。
一般認為合適的糾偏限度為：純化 水為 100CFU/ ml ，注射用水 10CFU/100ml (USP24)， 其中 CFU 為菌落數。另外常規定連續三次超過警戒限度視為超過一 次糾偏限度。 制藥用水系統設計，生產，法規要求三者之間 的關系可見圖 6： 由此可見，優良的設計會給生產、運行、維護、 驗證帶來極大的便利，反之，則造成質量事故和極 大的浪費。